João Marinho dos Santos tem desenvolvido produção científica principalmente nas áreas de História dos Descobrimentos e da Expansão Portuguesa e de História Local, como prova, além de numerosos artigos e capítulos de livros, a publicação de Os Açores nos Séculos XV e XVI, Ponta Delgada, 1990, 2 vols. (740 p.); Pobreza e Cultura no Concelho de Almeida, 2 vols., Maia, 1991 (421 p. + 24 fotos); Diogo do Couto: Tratado dos feitos de Vasco da Gama e seus filhos na Índia, em col., Lisboa, 1998 (206 p.); Estudos sobre os Descobrimentos e a Expansão Portuguesa, vol. I, Coimbra, 1998 (223 p.); A Guerra e as Guerras na Expansão Portuguesa (séculos XV e XVI), Lisboa, 1998 (371 p. + 42 grav.); Os Portugueses em Viagem pelo Mundo – Representações Quinhentistas de Cidades e Vilas, Lisboa, 1998 (362 p. + 80 grav.); Vasco da Gama – A Honra, o Proveito, a Fama e a Glória, em col., Porto, 1999 (323 p.); A Historiografia dos Descobrimentos através da correspondência entre alguns dos seus vultos: Joaquim de Carvalho, Joaquim Bensaúde, Duarte Leite e Fontoura da Costa, em col., Coimbra, 2004 (307 p.); Notícias e Memórias Paroquiais Setecentistas – Almeida, Viseu, 2005 (238 p.); O Concelho de Almeida – Esboço Histórico-Sociológico, Viseu, 2005 (295 p.); Santa Cruz do Cabo de Gué d’Agoa de Narba – Estudo e Crónica (edição em português e Árabe e em col.), Viseu, 2017 (317 p. – Prémio Gulbenkian 2008 da Academia Portuguesa de História); Sarzedas Vila Condal, Viseu, 2008 (221 p.); Notícias e Memórias Paroquiais Setecentistas – Castelo Branco, Viseu, 2008 (261 p.); Estudos sobre os Descobrimentos e a Expansão Portuguesa, vol. II, Coimbra, 2010 (220 p.); Sarzedas nos Forais de 1212 e 1512, Coimbra, 2012 (174 p.); Ceuta não foi conquista mas começo dela, Coimbra, 2017 (127 p.). É atualmente Professor Catedrático Jubilado da Universidade de Coimbra.