Tolérance Zéro est la sixième et dernière enquête pour l'unité d'élite européenne, l'occasion non seulement pour ces flics haut en couleur de débrouiller une affaire où la législation européenne montre une partie de ses failles, mais également le moment où toutes les questions des cinq premiers épisodes trouvent une réponse.
Tommy est-il IA ou personne réelle ? Qui a tué Pippa Empain ? Y a-t-il une taupe dans l'équipe ? Qu'est devenu le bel Ugo Mabian ? Que cherche vraiment la multinationale chimique Termite Inc ? Une jeune fugueuse est recueillie par un couple de médecins dans les Landes, puis le couple est retrouvé assassiné et on ne parle plus de la fugueuse... Les choses auraient pu en rester là, sauf que l'un des médecins, Neil Sader, est un vieil ami d'internat d'une certaine Rhéa Zauber, membre fondateur de la fameuse unité d'enquête européenne la mort de son ami lui paraît des plus suspectes.
De plus, l'inquiétude de Rhea rencontre celle de Xavier Zago, lieutenant au SRPJ de Bordeaux, qui trouve que les cadavres non identifies commencent a devenir monnaie courante dans sa ville habituellement si tranquille... Et quand la petite soeur de Caleb Blanchot, autre membre d' EPICUR, disparaît à son tour, la situation devient vraiment inquiétante...