En 1198, alors que la chretiente est ebranlee par la chute de Jerusalem et par les appels a une reforme morale et religieuse, les cardinaux elisent un nouveau pape sous le nom d'Innocent III. Issu de la noblesse romaine, theologien de renom et ecrivain spirituel, le jeune pontife . il avait trente-sept ans . s'engage aussitot dans la lutte contre les abus. Il s'attaque aux contestations dans le clerge, aux debordements des princes laics contre les prerogatives de l'Eglise, et lance un nouveau projet de croisade.
Mais l'ambitieux pontife est confronte a des multiples resistances et jusque dans la ville de Rome. Esprit religieux peu a l'aise dans les tractations diplomatiques, il doit prendre position dans la guerre civile en Allemagne, contre les rois de France et d'Angleterre et assumer la guerre contre les heretiques en Languedoc. Des 1204, la croisade qu'il avait organisee lui echappe et s'empare de Constantinople au lieu de liberer Jerusalem.
Pourtant, en quelques annees, Innocent III parvient a reaffirmer l'autorite de l'Eglise romaine, a etendre son influence politique et temporelle et a convoquer le grand concile de Latran IV qui reforma en profondeur la vie chretienne. Il laisse a sa mort, en 1216, une papaute redressee, une Eglise assainie, mais aussi compromise dans les affaires du temps.