Durant les guerres civiles auxquelles il a participé, l'idéalisme qui avait conduit le jeune Lope de Aguirre aux Indes Occidentales a été fortement mis à mal. La moralité douteuse et les crimes commis par les conquistadores avides de sang, de pouvoir et d'or ont exalté chez lui la critique de l'hypocrisie des princes et des représentants de l'église qui prétendaient défendre l'idéal chevaleresque alors qu'ils se comportaient comme des mercenaires opportunistes sans foi ni loi. Cette vie faite de reniements et de doutes l'a conduit à commettre des exactions tout aussi terribles que celles de ses compagnons d'arme. Lope De Aguirre n'était pas plus violent que les autres conquistadores, mais l'exaltation de son sentiment d'honneur et la passion de ses diatribes lui ont acquis une réputation de dément qui justifia son premier surnom d'El Loco.
C'est au cours de l'expédition du Maranon, lors de la rédaction de la première lettre à Philippe II qu'Aguirre se donne pour surnom le traître, car il est bien conscient que cette rupture d'avec l'Espagne sera définitive. Mais, bien qu'il en soit conscient, ce premier acte d'émancipation personnel ne traduit qu'une pensée imparfaite. Il n'est pas encore libre, puisqu'il doit encore se définir comme traître selon les critères de jugements de la couronne. C'est à cette période que ce qu'il a vu et commis puis critiqué pendant les guerres civiles prendra un sens nouveau qui le conduira à affirmer son futur statut d'émancipation.
Plus tard, au cours de l'expédition, sa pensée révolutionnaire et libertaire s'affirme. Aguirre fonde les principes de sa révolte et les fait publier pour ses hommes sous la forme d'édits et dont il informera la couronne d'Espagne par une série de lettres adressées à Philippe II.