João Caupers é doutor em direito — em ciências jurídico-políticas, na área de ciência da administração — (1994), pela Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa.
Estudou em Lisboa, Boston, Paris e Madrid. É professor catedrático da Faculdade de Direito da Universidade Nova de Lisboa — na qual também exerce as funções de Diretor — e da Universidade Autónoma de Lisboa; nestas ensinou — e também na Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa — as disciplinas de Introdução ao Estudo do Direito, Direito Administrativo, Direito Internacional Público, Ciência da Administração e Ciência da Legislação.
Tem estado ligado a diversas reformas importantes no âmbito da administração pública e do direito administrativo, de entre as quais sobressai a elaboração e a revisão do Código de Procedimento Administrativo. Entre outras funções públicas relevantes, desempenhou as de Alto Comissário Adjunto Contra a Corrupção e de Diretor-Geral das Relações Coletivas de Trabalho; foi membro da Comissão para o Estudo do Sistema Retributivo da Função Pública; presidiu à Comissão para a Reforma do Notariado; foi, durante cinco anos, vogal do Conselho Superior dos Tribunais Administrativos e Fiscais.
É autor de várias obras, de que se salientam Os direitos fundamentais dos trabalhadores e a Constituição, Introdução ao Direito Comunitário, A administração periférica do Estado. Estudo de Ciência da Administração e Introdução à Ciência da Administração Pública.