Défense des Trois Chapitres (XI-XII)
Le livre XI cite et analyse de nombreux extraits de Pères qui ont eu des opinions semblables à celles de Théodore de Mopsueste : Eustathe d'Antioche, Amphiloque d'Iconium, Grégoire de Nysse, Jean Chrysostome et surtout Cyrille.
Le livre XII apporte des compléments aux livres précédents. Facundus précise la notion d'hérésie, déclare irréformables les décisions de Chalcédoine, loue les empereurs Marcien et Léon de leur soumission aux évêques dans les questions de foi, blâme en revanche Zénon d'avoir publié l'« Hénotique » de sa propre initiative, créant ainsi la confusion et non l'union. L'ouvrage s'achève par une exhortation véhémente à Justinien.
Contre Mocianus le Scolastique
Facundus, malade et réfugié dans une caverne, rédige cet ouvrage en 553 pour aider ses collègues à résister aux manoeuvres de Mocianus, envoyé en Afrique pour gagner les évêques à la condamnation des Trois Chapitres.
Épître de la foi catholique
Cet écrit plus tardif, qui s'attaque avec violence à tous ceux qui ont accepté la condamnation des Trois Chapitres, n'est pas de Facundus bien qu'il lui soit communément attribué. Il est publié ici en annexe.