Evêque d'Hermiane en Afrique du Nord, Facundus intervient avec toute son énergie et son talent rhétorique dans la querelle christologique dite des " Trois Chapitres " qui, au milieu du vie siècle, aboutit à la condamnation de Théodore de Mopsueste, de Théodoret de Cyr et d'Ibas d'Edesse.
Dans ce conflit, l'auteur de la Défense des Trois Chapitres présente en faveur des accusés des arguments solides, tant historiques que théologiques ; mais l'intransigeance de l'empereur Justinien comme l'indécision et les revirements du pape Vigile provoqueront, à la suite de cette affaire, une dissension douloureuse et durable dans l'Eglise. Les livres III-VII constituent le centre de l'oeuvre de Facundus.
Les deux premiers concernent Théodore de Mopsueste. L'auteur réfute avec précision les attaques contre lui contenues dans le premier édit de Justinien (544-545) et montre l'orthodoxie de sa doctrine sur le Christ (III). Il situe ces attaques dans un contexte plus large : son maître Diodore de Tarse, loin d'être soupçonné, a reçu au contraire des lettres élogieuses de plusieurs évêques ; Théodore ne mérite pas non plus d'être condamné.
Le recours au jugement du pape Vigile est inutile, car son opinion est déjà connue ; en outre, les signataires de l'édit impérial avouent avoir agi sous la contrainte (IV).
L'ouvrage de Facundus, souvent cité ou résumé à son époque, est le document le plus complet, le mieux informé et sans doute le plus honnête que nous ayons sur cette querelle. Il nous transmet bon nombre de sources théologiques et politiques par ailleurs perdues et reflète la richesse idéologique et littéraire de l'Afrique chrétienne du VIe siècle.