Redécouvert en 1901 et restauré par Léon Gaud, le décor peint de la Salle du Conseil d'État constitue un ensemble aussi important que méconnu du patrimoine genevois. Comme l'a relevé d'emblée Camille Martin, il révèle deux campagnes de réalisation.
La première, due sans doute à Hugues Boulard en 1501-1502, montre des personnages emblématiques, accompagnés d'inscriptions savantes, liées aux deux fonctions de la salle: le bon gouvernement et la justice. Son iconographie subtile pourrait avoir été conçue par un théologien de premier plan, proche de la duchesse de Savoie Marguerite d'Autriche.
La seconde campagne, qui recouvre peut-être une image religieuse, montre un thème humaniste: les Juges aux mains coupées, encadrés par deux figures bibliques. Généralement datée de 1604 et attribuée à un certain César Giglio sur la base d'une interprétation documentaire, elle semble se situer plus tôt à en juger par le style. Ne pourrait-on dès lors la rattacher au moment de l'instauration de la Réforme et à l'influence grandissante de Jean Calvin? C'est l'hypothèse principale qui ressort de l'enquête menée, à l'occasion de la restauration, par une équipe pluridisciplinaire qui a exploré les différents aspects du décor (matériel, stylistique, iconographique et historique) et cherché à le replacer dans son contexte.