Auteur d'une thèse remarquée consacrée à l'acte juridique en droit international public, Jean Paul Jacqué enseigne d'abord à Strasbourg le droit international public et le droit constitutionnel, tout en exerçant successivement les fonctions de doyen de la faculté de droit, sciences politiques et gestion et de président de l'Université Robert-Schuman.
Son intérêt scientifique pour la protection internationale des droits de l'homme et pour le Parlement européen le conduira bientôt à être associé à l'élaboration d'importants projets au sein de la Communauté économique européenne. L'attention qu'il porte aux institutions communautaires l'amène ensuite à donner un nouveau cours à sa carrière : il est nommé directeur au service juridique du Conseil de l'Union européenne.
Placé, par ses fonctions, au coeur même de l'élaboration quotidienne du droit communautaire, il continue de mener une activité universitaire soutenue (rédaction de manuels et de nombreux articles, conférences, enseignements). Ainsi, Jean Paul Jacqué mène-t-il de front action et réflexion, en conjuguant avec talent ses responsabilités au sein du Conseil, et sa capacité critique à analyser l'évolution juridique et politique de l'Union européenne.