Alex, Marty, Melman et Gloria veulent rentrer chez eux au zoo de New York. Mais ils sont recherchés par la brigade animalière. Le cruel capitaine DuBois a décidé d'en faire des trophées de chasse. Comment passer entre les mailles de son filet ? Par chance, les quatre copains du zoo croisent la route d'un cirque ambulant, le cirque Zaragoza. Serait-ce la cachette idéale ?