Le Grand Orient de France, de 1865 à 1914, devient une force politique, au service des idéaux républicains.
Ses loges et ses convents débattent, avec plus ou moins de réalisme, de tous les sujets. Après les douloureux événements de la Commune, il se prononce en 1877 pour la liberté absolue de conscience. En 1880, il appuie le programme scolaire de Jules Ferry. En 1888, il combat le boulangisme. En 1898, il défend la cause de Dreyfus. En 1902, il soutient le gouvernement Combes. Les conséquences de l'affaire des fiches le conduisent à prendre quelque distance avec le pouvoir.
L'Obédience, qui se veut à l'avant-garde, a su cependant préserver, en les adaptant, l'essentiel de ses rites et ne s'est jamais confondue avec un parti politique. D'âpres débats, généralement fraternels, ont opposé, en son sein, réformistes et révolutionnaires.