Après avoir essayé de délivrer Kaïri des mains de Riku qui s'était réfugié sur le navire du Capitaine Crochet, Sora et nos amis sont obligés de quitter Peter Pan pour se rendre chez Maléfique. L'infâme reine a capturé toutes les princesses Disney afin de devenir maîtresse du monde. Il ne lui manque que Kaïri pour atteindre son objectif.