Alors que le Second Empire vit ses années les plus fastes, Montalembert dénonce le despotisme du régime, les dispositions qui bâillonnent les Assemblées délibérantes, l'Académie française, la presse, ou surveillent les correspondances privées. Avec une clairvoyance implacable et désespérée, il constate que les catholiques ont perdu le sentiment du droit et de la liberté, et qu'une nouvelle "alliance du trône et de l'autel" est née, dont l'organe est l'Univers. Montalembert maintient une opposition légale par ses discours au Corps législatif et par ses articles au Correspondant. Il conserve, malgré les attaques, la considération de la Maison d'Orléans, de la reine Victoria, du roi de Bavière, de Maximilien II, de Cavour, et même du protestant Guizot.