Evêque d'Hermiane en Afrique du Nord, Facundus intervient avec toute son énergie et son talent rhétorique dans la querelle christologique dite des " Trois Chapitres " qui, au milieu du VIe siècle, aboutit à la condamnation de Théodore de Mopsueste, de Théodoret de Cyr et d'Ibas d'Edesse.
Dans ce conflit, l'auteur de la Défense des Trois Chapitres présente en faveur des accusés des arguments solides, tant historiques que théologiques; mais l'intransigeance de l'empereur Justinien comme l'indécision et les revirements du pape Vigile provoqueront, à la suite de cette affaire, une dissension douloureuse et durable dans l'Eglise. Les livres III-VII constituent le centre de l'oeuvre de Facundus.
Les deux premiers concernent Théodore de Mopsueste. Les livres V-VII concernent Ibas d'Edesse. Après avoir rapporté les procès antérieurs à Tyr, Béryte et au brigandage d'Ephèse, Facundus raconte la reprise de la question au concile de Chalcédoine où Ibas fut définitivement absous (V). Il traduit la Lettre à Maris et montre que ses adversaires l'ont mal comprise (VI). Enfin, il prouve l'orthodoxie de sa doctrine (VII).
Facundus parle à peine de Théodoret; il se contente de noter qu'il a siégé à Chalcédoine et y est intervenu pour défendre la lettre du pape Léon. L'ouvrage de Facundus, souvent cité ou résumé à son époque, est le document le plus complet, le mieux informé et sans doute le plus honnête que nous ayons sur cette querelle. Il nous transmet bon nombre de sources théologiques et politiques par ailleurs perdues et reflète la richesse idéologique et littéraire de l'Afrique chrétienne du vie siècle.