Fujimaru Takagi est un étudiant ordinaire en première dans un lycée privé de Tokyo. Il passe pour un garçon discret, pour ne pas dire dégonflé. Mais, sous des apparences anodines, se cache en réalité Falcon, un hacker de génie, si exceptionnellement talentueux qu'il est recruté par le bureau "THIRD-i", de l'Agence d'investigation de sécurité publique, dirigé par son père.
Le virus "Bloody-X" a été disséminé dans les locaux du Third-i ! Afin de sauver deux agents contaminés, Fujimaru entame une course contre la montre pour déchiffrer le fichier transmis par le professeur Shikimura juste avant sa mort, en espérant qu'il le conduira à l'antiviral, seul remède capable de contrer la terrible maladie !