Aquilus cherche à venger le meurtre de son père. Cette soif de vengeance qui va l'entraîner jusqu'à Rome va également coïncider avec la quête de l'ankh dérobée.
Au même moment, à l'époque antique, les Barbares, avec à leur tête Accipiter, un autre Assassin, s'apprêtent à fondre sur Lugdunum et sur l'Italie...
Desmond, très éprouvé par ces voyages dans sa mémoire génétique, y gagne de nouvelles aptitudes qui vont s'avérer très utiles. D'autant plus que, à l'instar des hommes du passé, les dangers s'accumulent autour de Lucy et de l'Animus...
Desmond va devoir faire face à ces nouveaux ennemis, et affronter les surprises que lui réserve le destin de ses ancêtres.