Echappé d'Abstergogrâce à Lucy, Desmond ' associe aux Assassins dans leur lutte contre les Templiers et il accepte de mettre la mémoire de ses ancêtres au service de leur cause. Trahis par le Patient 13 jaloux de l'ascendance de Desmond, les Assassins doivent bientôt fuir leur cachette. Ils quittent alors Rome pour Monterrigioni. Sur la route qui les mène vers le fief historique de ses ancêtres, Desmond effectue plusieurs plongées dans l'Animus. Il découvre le passé d'Aquilus, un citoyen romain qui luttait déjà contre ceux qu'on n'appelait alors pas encore les Templiers.