Egito, ano 70 a. C.
Um Assassino impiedoso percorre o país. A sua missão: encontrar e destruir os últimos membros de uma ordem antiga, os Medjay, e erradicar a sua linhagem. Na pacífica Siwa, o protetor da cidade parte de repente deixando o seu filho adolescente, Bayek, com questões sobre o seu futuro. O jovem inicia uma jornada à procura de respostas, e a sua viagem leva-o ao longo do Nilo e através de um Egito em tumulto. Quando se descobre que os Medjay ainda resistem e ameaçam as mudanças que se espalham pelo Egito, tem início uma batalha silenciosa e sangrenta, e vemos nascer a primeira centelha da guerra entre Assassinos e Templários.