Após uma guerra civil de seis anos, D. Pedro aceita a capitulação dos absolutistas com a assinatura da Convenção de Évora Monte. Mas, a partir do exílio, D. Miguel denuncia o acordo, justificando ter sido coagido a assiná-lo, e lança um apelo às armas. Em Portugal, José Joaquim dos Reis, o Remexido, forma uma guerrilha na serra algarvia e durante dois anos assola vilas e cidades, atacando as tropas do governo de D. Maria II. As Mortes do Meu Pai é o relato destes dois anos, muito pouco conhecidos na história de Portugal - um suposto país de brandos costumes -, através da memória da sua filha mais velha, Maria Marciana, já depois de o pai ter sido capturado, julgado e fuzilado em Faro.
Marciana socorre-se das memórias do fiel soldado guerrilheiro Domingos, um negro descendente de escravos com pontaria infalível, e de Cabrita, habitante de Albufeira que registou os trágicos acontecimentos. Marciana procura entender como o pai, profundamente católico e seguidor das Escrituras, foi capaz de cometer tantas atrocidades pelo amor ao Trono e a D. Miguel. O livro é um olhar sobre a transição do regime absolutista para um Portugal moderno e liberal, com todas as zonas cinzentas e contradições deste momento singular da história de Portugal.