L'abbaye d'Ainay, située au coeur de Lyon, possède une histoire riche et complexe.
Remaniée plusieurs fois, l'église a été consacrée par le pape Pascal II en 1107, venu à Lyon en pleine Réforme grégorienne. Cet ouvrage permet de revisiter le cadre topographique et historique de la presqu'île où elle se situe, de faire le point sur les sources écrites existantes, et de mettre en lumière de nouvelles données archéologiques (découverte de tombes mérovingiennes lors de la restauration par les Monuments historiques et étude des élévations par le service archéologique municipal).
D'un point de vue archivistique, deux représentations anciennes de la mosaïque du choeur d'Ainay ont également été retrouvées et font ici l'objet d'une étude approfondie. En effet, la représentation, sceptre à la main, du pape Pascal II, montre sa volonté de s'affirmer face à l'empereur germanique. Ainsi, la Réforme grégorienne, imposée grâce à l'action des évêques réformateurs et des légats pontificaux, a été à l'origine d'une iconographie nouvelle, en France comme en Italie.