Se, de uma forma muito simples, mas clara, dissermos que o pensamento ideológico é um pensamento fechado, comprometido com uma conclusão prévia, e se considerarmos que ciência é o contrário disso mesmo (ou, no caso das ciências sociais, o empenho para do contrário disso mesmo se aproximar), perceberemos que o pensamento praticado por Boaventura Sousa Santos e aquilo que, em geral, afirma fazer-se no seu Centro de Estudos Sociais não serão ciência, mas ideologia. De modo idêntico, a astrologia, ao afirmar como verdade, sem prova empírica, uma ligação directa entre os astros e o destino do homens, também não é ciência. Quanto à arte, à religião, à poesia, manifestações humanas que são expressão de saberes e fonte de conhecimento, não são, como bem se compreende, ciência. Ciência também não é o mesmo que tecnologia, pelo que é absurdo pôr em causa a ciência com o argumento da possibilidade do mau uso das suas aplicações, uso que, este sim, deve subordinar-se ao entendimento do bem comum.

Confundir todas estas manifestações humanas releva de um pensamento reactivo só explicável, porventura, nos casos em que não é razoável supor-se uma ausência gritante de cultura filosófica e histórica, no registo dos afectos.

São estas confusões grosseiras — calamitosas muito particularmente para o sistema de ensino, para a universidade e a investigação em todos os domínios, na ciência, mas também nas ciências sociais — que António Manuel Baptista, distinguindo com rigor e coerência aquilo de que fala e está em causa, continua, paciente e expressivamente, a enfrentar e a procurar esclarecer.