Depois de resolverem o maior caso da história de Zootrópolis, os polícias novatos Judy Hopps e Nick Wilde descobrem que a sua parceria não é tão sólida quanto pensavam, quando o Chefe Bogo os obriga a participar no programa de aconselhamento «Parceiros em Crise».
Mas não demora muito para que a sua parceria seja posta à prova, quando se encontram no rasto ondulado de um réptil misterioso que chega a Zootrópolis e vira do avesso a metrópole dos mamíferos.
Para resolver o caso, Judy e Nick têm de se infiltrar em novas zonas da cidade, onde a sua crescente parceria é testada como nunca antes.