Schelling a présenté lui-même son projet de philosophie de la nature - dont il y eut plusieurs réalisations au cours de sa carrière - dans son Système de l'idéalisme transcendantal de 1800 : " toute autre science présuppose une intelligence déjà achevée, alors que le philosophe l'envisage en son devenir, et la fait en quelque sorte naître devant ses yeux ".
Dans les Idées pour une philosophie de la nature de 1797, Schelling cherche déjà à élucider l'origine de toutes choses, dont celle de la philosophie et de la nature elle-même, ainsi que le problème du rapport de l'esprit à ses représentations. Il cherche à apporter une solution au conflit du mécanisme et de la finalité. Le mécanisme ne peut être écarté : il règne dans les rapports entre causes et effets ; mais la finalité triomphe dans l'organisme, où la causalité est réciproque.
Schelling tient compte des découvertes scientifiques de son temps pour les faire entrer dans un système du savoir qui soit aussi un savoir pour la conscience. Sa philosophie, qui succède à celles de Kant et de Fichte, est une philosophie de la liberté, et de l'autonomie de la nature à partir de laquelle doit se manifester l'esprit : " la nature doit être l'esprit visible, et l'esprit la nature invisible ".