Em 1866, quando navios de diversas partes do mundo começaram a naufragar e a sofrer misteriosas avarias, governantes e homens de ciência mobilizaram-se para identificar, localizar e deter o misterioso monstro marinho
responsável por tais ataques. Procuravam algo descrito como "comprido, fusiforme, fosforescente em certas ocasiões, infinitamente maior e mais veloz que uma baleia".
Mas a missão não correu conforme os planos, e a besta desconhecida destroçou a fragata que fora em sua captura e onde viajavam o Professor Aronnax, Conseil e Ned, conseguindo sobreviver ao ataque, mas são capturados pelo "monstro". Neste momento eles descobrem que na verdade não existe nenhuma criatura, mas sim um gigante submarino, Nautilus, com uma tecnologia que jamais tinha sido vista no mundo. A bordo estão o misterioso Capitão Nemo e os seus companheiros. Nemo recebe os três sobreviventes como parte da sua tripulação, com a condição de que eles nunca mais voltassem para casa, pois o capitão não quer que o seu segredo seja revelado. Sem ter muitas opções, os três homens aceitam o acordo, esperando que em algum momento exista uma possibilidade de fuga ou que o Nautilus seja capturado. E é desta forma que os três começam a navegar pelo mundo submarino, conhecendo lugares e criaturas incríveis, que nunca imaginaram existir.