Bárbara, Afonso, Yara, Tiago e Eduardo são miúdos normais que um dia deparam com algo totalmente invulgar: um ser bizarro, que lhes confere poderes sobrenaturais e uma missão que se torna cada vez mais desafiante, à medida que Os Mega B.A.Y.T.E.S. vão descobrindo no que se meteram. O que farias tu, se tivesses de lutar com os teus amigos contra um inimigo perigoso, que não sabes de onde vem, o que quer, nem do que é capaz?
Os Mega B.A.Y.T.E.S. são finalmente reconhecidos como os heróis de Urbânia, mas nem por isso têm a vida facilitada. O inimigo assume formas cada vez mais poderosas, e as estratégias usadas para o combater acabam por provocar sérios danos na cidade. Os habitantes veem-se obrigados a fugir e a refugiar-se na floresta, que lhes reserva incríveis surpresas...