Les deux volumes consacrés aux Temps de l'affaire Dreyfus sont d'une ampleur exceptionnelle.
L'Affaire y occupe une place primordiale. Les responsables de l'édition ont voulu donner à lire tous les textes de Jaurès qui permettent de suivre jour après jour son évolution. Celle-ci culmine à l'été de 1898 avec Les Preuves. Ces articles célèbres sont reproduits ici pour la première fois à partir du journal, La Petite République, pour lequel ils ont été écrits, y compris les textes non repris dans l'édition en volume.
Mais si la moitié des chapitres du volume 6 est consacrée à l'affaire Dreyfus, celle-ci est également liée aux réflexions et aux combats de Jaurès pour la République et le socialisme et à sa découverte des responsabilités de la France dans la crise algérienne. L'important article de la revue Cosmopolis est ici repris ainsi que de nombreux articles et discours sur la crise des institutions, l'armée et la justice en premier lieu, les transformations de la société, des plus apparemment triviales comme la mévente du porc, jusqu'aux analyses plus fondamentales sur l'émergence des intellectuels et leur place dans les conflits sociaux, éthiques et politiques.
Jaurès est à la fois homme d'action et de réflexion, plongé dans la bataille électorale, préoccupé par la situation des ouvriers du Tarn, attentif à l'évolution de la situation internationale, à la répression qui frappe le mouvement ouvrier italien comme aux conflits d'Orient et à ceux liés à la guerre hispano-américaine. L'édition, la présentation et l'annotation de ces volumes sont dues à Eric Cahm, secrétaire de la Société internationale d'histoire de l'affaire Dreyfus, et à Madeleine Rebérioux, présidente de la Société d'études jaurésiennes.