O Livro das Almas começa um ano depois da conclusão do mistério encerrado em A Biblioteca da Morte. A vida de Will Piper terá mudado devido ao segredo surpreendente que descobriu na instalação secreta do governo a Área 51? E com a captura do Assassino Silenciador? A sua reforma antecipada do FBI é interrompida quando um livro raro é posto em leilão em Londres e lhe é solicitada ajuda para o reaver. Ao viajar para Inglaterra, e já na posse do livro, Will é informado que falta um capítulo crucial que terá de reaver. Ao seguir os indícios acaba por descobrir o que estava em falta: um soneto com vários enigmas aparentemente indecifráveis escrito por um jovem chamado William Shakespeare que revela que o livro teve um profundo efeito sobre a história da humanidade. Mas nem tudo é fácil, pois Will enfrenta forças poderosas que o tentam impedir que descubra o que lhe poderá dar a chave para descobrir que a história pode ser reescrita. Mas acaba por decifrar que nas pistas escondidas no poema, encontra o verdadeiro livro que influenciou não só Shakespeare mas também a filosofia religiosa de João Calvino, o pai da predestinação, e as profecias de Nostradamus.