In seinen Gesammelten Schriften untersucht François Bovon zwei Schwerpunkte: das Lukasevangelium und die Apostelgeschichte des Lukas einerseits und die frühchristlichen Apokryphen andererseits. Besonderen Wert legt er auf die die ethischen und missionarischen Praktiken der frühchristlichen Gemeinden und die Rezeption frühchristlicher Dokumente in der Spätantike.