Depois de sobreviverem às maquinações terríveis da Corporação Além, Miles Morales e seu clone, Shift, são lançados numa jornada multidimensional que vai transformá-los para sempre... O clone Selim saiu vitorioso e toma controle da cidade, forjando um Império impiedoso à sua imagem. Nessas novas circunstâncias, nada é igual ao que Miles conhecia, e para deter o seu inimigo e chegar ao fim de sua busca ele vai precisar do apoio de aliados inesperados e fazer sacrifícios que talvez não esteja tão disposto a fazer...