"Mestre Carbono, o Cientista" conta-nos a história de três cientistas que, em laboratório, procuram descobrir um modo que permita controlar e reverter a atual situação do aquecimento global, também causado pela excessiva libertação de CO2.
No entanto, é quando os humanos regressam a casa que se assiste a uma enorme azáfama, com vários átomos e moléculas a saltar dos respetivos frascos de reagentes. Liderados por um velho átomo - o Mestre Carbono -, procuram ajudar os humanos naquelas experiências de grande importância para a salvação da Natureza.
Sob a batuta do velho Mestre, aqueles átomos e moléculas perseguem o sonho de conseguir sintetizar laboratorialmente a bem conhecida molécula da Clorofila A, o primeiro passo para ajudar a mãe Natureza no processo de conversão do dióxido de carbono no favorável oxigénio (fotossíntese).