Vers 1450, la Guerre de Cent ans s'achève.
Le pays est ravagé, le trésor du roi Charles VII, comme les greniers, est vide. Le père de Jacques de Moroges, un jeune chevalier bourguignon, a disparu et sa mère, Aliénor, est l'objet de la convoitise d'un seigneur voisin. Pour lui échapper, Jacques et sa famille se réfugient sous la protection du baron Thibault de Meulcey. Une série de meurtres effroyables bouleverse le pays : des jeunes filles sont retrouvées mortes sur les terres de Meulcey, fouettées, mutilées, peintes en écarlate ou en bleu pastel, une croix à leur côté...
Le jeune Moroges, grand admirateur d'Averroès, et son compagnon Charles, héritier du trône de Bourgogne, rencontrent Ibrahim ben Khader, un célèbre médecin arabe. Ensemble, à la demande du duc de Bourgogne qui veut éviter de nouveaux troubles, les trois jeunes gens vont se mettre au service de la vérité. Grâce à leur intuition et à leur science, grâce aussi aux autopsies que pratique Ibrahim, il apparaît que les pucelles ont été empoisonnées et peintes en bleu, tandis que les autres ont été torturées avant d'être elles aussi empoisonnées et peintes en rouge.