Un soir de printemps dans la ménagerie du Jardin des Plantes.
Les animaux sont nerveux, ils pressentent quelque chose... En pleine nuit, la police reçoit un appel affolé. Un bébé a été enlevé. Puis le téléphone sonne, encore et encore. Au lever du jour, la ville est en état d'alerte, en une nuit, non seulement cinq nourrissons ont disparu mais la Seine déborde ! Une crue géante, inexplicable... Paris se noie. Sylvain Masson, jeune professeur à la Sorbonne, tient la seule piste tangible pour tenter de sauver la ville...
Avec Trinité, une surdouée de quatorze ans, il va plonger au coeur des mystères de Paris.