No seguimento da morte trágica do único filho, viria a ser opositora do marido, quando este pretendia legitimar o seu bastardo para o colocar no trono; em vez deste, conseguiu que o sucessor de D. João II fosse Manuel, duque de Beja, seu irmão mais novo. Culta e devota, Leonor deixou a sua memória viva nos séculos seguintes pelas obras que patrocinou, todas indissociáveis da sua religiosidade: o hospital das Caldas, o Convento da Madre de Deus, a criação da Misericórdia de Lisboa, a impressão de livros e a encomenda de obras de arte.
Sempre atenta aos seus interesses, quer políticos quer económicos (era detentora de uma vasta fortuna, que foi aumentando com o tempo), a «rainha-velha» conservou a sua influência quase até ao final da vida, apesar de cronicamente doente e muitas vezes confinada a uma cama.