Purgatoire raconte l'histoire d'Emilia Dupuy, dont la vie s'est brisée un jour de juillet 1977, près de la ville de Tucumán, dans le nord de l'Argentine.
Avec son mari Simon, cartographe comme elle, ils étaient partis en mission dans cette région lointaine pour parachever la carte d'une route internationale à la demande de l'Automobile Club de Buenos Aires. C'est alors qu'ils sont arrêtés par les militaires en raison de leurs activités « suspectes », ils détiennent en effet, pour leur travail, des cartes topographiques de toute la zone. Après avoir été détenue et torturée, Emilia est libérée par les autorités grâce à l'intervention de son père, le Docteur Dupuy, l'un des intellectuels du régime, dont les idées guident l'action de la dictature.
Emilia rentre à Buenos Aires où elle pense retrouver Simon. Mais Simon ne rentrera jamais. Le calvaire d'Emilia s'étend sur plus de trente ans. Elle part chercher son mari à Rio où un témoin dit l'avoir vu ; elle parcourt les bidonvilles de Caracas et de Mexico où elle croit pouvoir retrouver sa trace. Elle n'accepte pas les conclusions de l'enquête menée par des ONG après la chute de la dictature ni les déclarations de plusieurs soldats qui ont vu le cadavre de Simon dans le patio d'une caserne.
Emilia pense que son mari est toujours en vie car elle « sent » sa présence. Qui plus est, vers la fin de sa vie, elle le voit enfin et le retrouve mais comme dans un rêve, ou est-ce la projection de son esprit dérangé ? Car Emilia vit avec les démons du passé : la culpabilité d'un père qu'elle refuse de s'avouer (ce bras droit des militaires n'a eu aucun mal à faire « disparaître » son gendre, jugé « subversif »), et les cauchemars d'une époque effroyable qu'elle a vécue comme un zombi, assommée par la violence psychologique exercée par sa famille et par la société tout entière.
Tomás Eloy Martínez, l'un des intellectuels argentins qui a dénoncé avec le plus de force et d'indignation les crimes de la dictature militaire de son pays, nous raconte cette histoire d'amour et d'obsession dans deux cadres temporels alternés : celui de la dictature et, trente ans plus tard, celui des derniers jours d'Emilia, devenue bibliothécaire dans une petite ville du New Jersey. La narration passe d'un contexte à l'autre, d'une époque à l'autre, et nous offre, à la fois, une fresque historique des années noires de l'Argentine et le portrait intime d'une femme seule, déséquilibrée et hantée par son passé.