La Preuve par neuf traite des moments clés de l'histoire de la théorie de l'évolution, de ses balbutiements à nos jours.
S'appuyant, dans chaque chapitre sur une date charnière de l'histoire des idées évolutionnistes afin d'évoquer directement le coeur des questions et des théories fondamentales de ce domaine, l'ouvrage détaille le contenu des débats, souvent passionnés, et le profil de leurs différents acteurs.
Partant de l'année 1749, date du débat méconnu entre les grands naturalistes des Lumières (Buffon, Maupertuis, Diderot) au sujet des liens de génération supposés entre les espèces actuelles, et passant par les chocs conceptuels occasionnés par les textes de Lamarck et de Darwin en 1809 et 1859, l'ouvrage entreprend ensuite d'expliquer les théories majeures qui ont fait progresser l'évolutionnisme au cours du XXe siècle, telles que la théorie synthétique ou encore la théorie synergique.
Afin d'illustrer et d'approfondir son propos, l'auteur propose également plusieurs schémas très originaux, qui montrent les affinités conceptuelles et les influences entre les principaux penseurs qui ont contribué au développement de ces théories.