1685. Alors que la plupart des puissances européennes sont encore régies par le principe du Cuius regio, eius religio, Louis XIV revient sur la Tolérance garantie aux Huguenots afin de mettre un terme aux guerres de religion. L'Édit de Nantes est abrogé et le catholicisme, restauré au rang de seule religion du royaume. Le Roi s'assure ainsi le soutien de ses évêques pour contrôler plus étroitement l'Église de France et, à travers elle, l'âme de ses sujets. C'est l'aboutissement de la politique de renforcement du pouvoir royal initiée dès Louis XIII. Un pouvoir que le Roi Soleil entend rendre absolu.
Mais les conversions forcées ne sont souvent qu'apparentes.
De fait, moins d'une génération plus tard, une révolte éclate dans le fief traditionnellement protestant des Cévennes. Élevés dans l'intolérance, de jeunes artisans et paysans huguenots prennent les armes pour recouvrer la liberté de leur conscience. De répression en représailles, l'insurrection conduit rapidement à une guerre fratricide qui, menée au nom de principes supérieurs, achève de mettre les Cévennes à feu et à sang.
La Croix et la Bannière relate cette révolte en s'attachant au plus polémique de ses chefs.
Monstre sanguinaire pour les uns, héros, voire traître à sa cause pour les autres, Jean Cavalier y apparaît avant tout comme le cadet d'une famille de laboureurs qui donnera ses lettres de noblesse à cette révolte de petites gens et lui gagnera le soutien de la plupart des Cours protestantes d'Europe.
Mais, tandis que, se dressant contre l'absolutisme, il affronte tant les troupes royales que le clergé, l'insaisissable stratège aux accents prophétiques doit bientôt faire face à un adversaire plus insidieux encore.
Le doute, cet ennemi intime de tout croyant, finit par s'insinuer en lui.
Pris dans ses propres contradictions, Jean Cavalier se retrouve alors en porte-à-faux au-dessus de l'abîme qui sépare les idéaux d'une réalité bien plus sensible.