Les applications des disciplines de la botanique à l'archéologie sont particulièrement nombreuses et riches d'informations sur les relations qu'entretiennent les sociétés humaines avec le monde végétal, sauvage ou cultivé : les pollens (palynologie), les charbons de bois (anthracologie) ou en général les restes de bois (dendrologie), les fruits et les graines (carpologie), mais aussi des disciplines moins connues, comme l'étude des phytolithes ou celle de la végétation actuelle (ethno-botanique).
Toutes ces techniques permettent d'appréhender l'environnement ancien, l'évolution du climat et l'impact de l'homme sur la nature.