Depuis son abolition, les historiens se sont partagés pour dénoncer les crimes de l'Inquisition ou justifier son action : de l'ancien secrétaire du tribunal du Saint-Office de Madrid, Juan Antonio Llorente, qui publia à Paris en 1817-1818 une Histoire critique de l'Inquisition d'Espagne dans laquelle il ne ménageait guère l'institution qu'il avait servie, à son semi-homonyme, le religieux franquiste Miguel de la Pinta Llorente, thuriféraire de Torquemada et de ses confrères, bien peu ont pu relater et analyser l'histoire de l'Inquisition espagnole sans écrire un réquisitoire ou un plaidoyer .
La question n'est plus là aujourd'hui : sous l'impulsion de Jean-Paul II, l'Eglise a fait publique repentante des crimes et abus commis par l'Inquisition au nom du Christ. N'ayant plus de jugement moral à porter, les historiens peuvent donc se consacrer sereinement à l'analyse d'une institution dont le poids fut considérable dans l'histoire de l'Espagne. Les nombreux travaux, très souvent de grande qualité, publiés sur ce sujet, notamment en Espagne depuis le rétablissement de la démocratie, permettent d'envisager une synthèse objective d'un des organismes qui fut le plus décrié au monde.