"Dès que l'inconnu retira ses mains, qu'il maintenait posées sur sa création, la poupée métallique, sans visage, ni doigts, commença à s'animer.
Puis elle s'avança doucement vers le bateau. Elle s'arrêta et toucha la coque des deux mains. Des rayons de lumière se dispersèrent aussitôt dans l'espace situé entre les mains et la coque." Japon, 1638, début de l'ère Edo.
Sur la route Nakasendo reliant Kyoto à Edo, deux ban des de ninjas se livrent une lutte acharnée autour de l'héritière des Toyotomi, le clan défait lors de la guerre civile par les Tokugawa, nouveaux maîtres du Japon.
Après avoir été entraîné dans cette vendetta, Genkuro Yorozu a mis sa redoutable épée au service de la jeune héritière. Il la protège vaillamment en repoussant les incessantes attaques des étranges ninjas de la bande de Tsuchigumo. Mais il lui faudra aussi affronter d'autres créatures encore plus étranges, toutes liées au "bateau volant" qui a chuté depuis les cieux. C'est en effet l'heure des premières révélations, notamment au sujet du secret entourant l'épée de Genkuro et de la relation qu'entretient le légendaire Musashi avec son redoutable ennemi, Tokisada Masuda.
A cela s'ajoute la venue de nouveaux protagonistes, dont un étonnant bonze et un puissant samouraï... Autant d nouvelles rencontres qui vont pimenter le périlleux voyage de Genkuro et ses alliés.