Les voici qui maintenant s'en sont allés à Paris, pour continuer à vivre leur aventure amoureuse, l'aventure d'une vie ensemble. Homo Pierrot II se passe donc « sous les toits de Paris », comme l'indique le sous-titre. La vieille morale craque de partout, dans le vent qui souffle après 68. Tous deux se laissent griser par leur vie nouvelle, mais Paris ne manque pas non plus de tentations, d'abord celle, facile, d'autres corps et l'argent, lui, y est difficile à gagner. Entre les amants les plus fous ou les plus résolus, des lames peuvent imperceptiblement se glisser.
Et puis, il y a un mal, souvent oublié dans le monde moderne, qu'on appelle le mal du pays, et qui rend son déracinement insupportable à l'un des deux amis. Comment être heureux dans ces conditions ? Que va-t-il arriver à Erwan et Pierrot sous les toits de Paris ? Le meilleur et le pire, comme il arrive aux couples que la perfection même de leurs débuts a rendus plus vulnérables, quand un jour la vaillance et la grâce de s'aimer viennent se heurter à une fatalité du dedans, la nostalgie.