Novembre 1979... L'agent Birdy quitte précipitamment l'ambassade des États-Unis à Téhéran, quelques minutes avant sa prise d'otages par les Gardiens de la Révolution... De retour aux USA, Birdy est missionné pour participer à la récupération des otages de l'ambassade mais l'opération est un fiasco et Birdy y laisse la vie...
De nos jours... Le secrétaire d'état à la Défense apprend que la base de Groom Lake recèle le plus grand secret de l'histoire de l'humanité...
Il découvre que la base qu'on surnomme zone 51 n'abrite pas ce que la légende prétend. Parmi les cobayes à peine âgés de 12 ans, un gamin plus vif que les autres s'échappe car il a quelque chose à régler sur cette terre. Il aurait un fils qu'il a laissé un soir de Noël 79. Birdy est de retour...