José Neto pertenceu a algumas das melhores equipas técnicas do FC Porto (ao serviço do qual venceu vários títulos nacionais e internacionais), do SC Braga e do Vitória de Guimarães. Com José Maria Pedroto, introduziu em Portugal a observação e análise do jogo de forma estruturada numa equipa técnica. Desempenhou também funções ao nível da metodologia do treino físico.
É, desde 1983, prelector na formação de treinadores, sucessivamente nas áreas da observação do jogo, da periodização do treino desportivo e das ciências da educação e do comportamento humano (stress, ansiedade, comunicação e aprendizagem, motivação e coesão de equipas), tendo participado na formação de nomes tão importantes como José Mourinho, Domingos Paciência, Carlos Carvalhal, José Peseiro, Carlos Brito, José Couceiro, Pedro Emanuel ou Pedro Martins, entre muitos outros.