Elie Zahar a été le disciple de Karl Popper et d'Imre Lakatos, aux côtés duquel il a contribué au début des années soixante-dix à la constitution de la Méthodologie des Programmes Scientifiques de Recherche.
Ses travaux portent sur des problèmes classiques de philosophie des sciences (statut de la géométrie, révolution relativiste, rôle des mathématiques en physique, platonisme et théorie des ensembles), aussi bien que sur des problèmes de théorie de la connaissance (base empirique et intentionnalité, démarcation, induction, heuristique, problème de Duhem, analytique et synthétique, réalisme structurel).
Son approche s'inscrit dans la tradition française (Duhem, Poincaré, Meyerson) aussi bien que dans la tradition austro-allemande (Brentano, Reichenbach, Popper) et anglo-saxonne (Russell, Quine, Kuhn). Cet Essai d'épistémologie réaliste constitue une véritable introduction générale à la philosophie des sciences du vingtième siècle.