Bien qu'il n'y ait consacré aucun ouvrage, Descartes s'intéressait à la chimie de son temps, qui s'appelait aussi alchimie. On a souvent oublié cet aspect de ses recherches scientifiques, alors que les questions de chimie se posent dans Les météores de 1637 et constituent l'essentiel de la quatrième partie des Principes de la philosophie.
Pour autant, loin de comparer la chimie à la mécanique ou à la médecine, Descartes s'est employé à réduire les opérations de la chimie à celles de la mécanique, contestant les opérations et concepts de la chimie. Le système cartésien ne pouvait se satisfaire ni des « esprits » de la chimie (entre matière et pensée), ni des principes paracelsiens, Mercure, Soufre et Sel (propriétés sensibles). Se pose alors la question de la possibilité d'une chimie cartésienne. En défendant son autonomie à l'égard de la physique et de la médecine, la chimie a pu se développer aux XVIIe et XVIIIe siècles, comme une science empirique loin des présupposés métaphysiques.