Depuis le 11 septembre 2001, des commentaires fusent de toutes parts à l'effet que la religion musulmane est fondamentalement violente et conquérante, et qu'elle mène nécessairement au terrorisme, contrairement au christianisme qui, lui, serait religion de paix et d'amour.
Ibn Warraq et Guy Hennebelle proclament que : L'islam n'est pas une religion modérée : il suffit de lire le Coran, truffé de menaces et d'imprécations en tout genre pour s'en convaincre. Dieu est mon copilote s'élève contre cette vision trop simpliste. Effectuant une relecture des Livres saints des trois grandes religions monothéistes (l'Ancien Testament, le Nouveau Testament et le Coran), l'auteur montre qu'aucun d'entre eux n'est plus ou moins violent que l'autre.
Dans chacun de ces livres, des messages de paix et d'amour sont submergés par des appel Ancrant sa thèse dans le contexte de la guerre sainte antiterroriste dans laquelle les Etats-Unis se sont engagés, l'auteur renvoie dos à dos le célèbre couple Bush-ben Laden qui, par-delà leurs différences, partagent une même vision dualiste et absurde de l'univers où tout est réglé en fonction de l'opposition entre " nous " le Bien, et " eux " le Mal.
" Peut-on avoir un meilleur copilote ? " que Dieu lui-même. Contrairement à ce que certains pourraient être tentés de croire, cette question n'a pas été posée par un kamikaze islamiste s'élançant avec ses otages sur les twin towers. Ce sont les paroles d'un pilote de l'armée de l'air américaine en pleine guerre du Kosovo !