Au XVIIIe siècle, le peintre belge Emmanuel Denef désire plus que tout un enfant. Malheureusement, son extrême laideur lui interdit d'espérer un quelconque mariage. Grand lecteur et grand érudit, il se procure des traités d'alchimie dans le but de fabriquer un homuncule, petite créature qu'il entend bien chérir comme un fils. Hélas, il se heurte à plusieurs échecs, et ne dépasse jamais le stade des « ombres » : des créatures grises aux jambes aussi fines que des allumettes, aux grands yeux jaunes, sans cheveux, nez, tétons, nombril, ni sexe ; leurs pieds et leurs mains ressemblent à des spatules. Ces ombres lui tiennent compagnie un moment, mais ne comblent pas son besoin d'amour. Découragé, Emmanuel se rend à Urbino en Italie, dans la demeure de Guido Spaziano, un vieil alchimiste bourru. Grâce à son expérience, les deux hommes parviennent à créer un vrai homuncule, petit être vivant, qu'Emmanuel baptise Gilles. Rapidement, l'homuncule développe une intelligence hors du commun, qui lui permet d'assimiler sans difficulté les techniques alchimiques les plus complexes. Mais quand son père Emmanuel meurt de vieillesse, Gilles se retrouve malheureux et seul dans leur grande maison à Bruxelles, avec pour seule compagnie ses soeurs les ombres, trois créatures alchimiques ratées et sans intelligence. Il se terre dans sa chambre et vit reclus pendant plus d'un siècle, jusqu'à l'arrivée de deux frelons géants de Chine...
Les ombres l'appellent au secours, l'obligeant à sortir les défendre. Il fera ainsi la rencontre, dans la maison, d'une petite fille qui lui redonnera le goût de vivre.