De retour le 4 septembre 1838 du Second voyage en zigzag qu'il a effectué avec ses élèves, Rodolphe Töpffer va demeurer seul à la tête de son pensionnat car sa femme, sa chère Kity, se remet à Mornex de la mort de son père. Quotidiennement, Rodolphe la tiendra au courant de ce qui se passe chez lui et en ville : Genève est alors, comme le reste de la Suisse, très préoccupée parce que la France réclame, avec menaces de guerre à l'appui, la présence sur son sol du prince Louis Napoléon Bonaparte, établi dans le canton de Thurgovie dont il a pris la nationalité. Cette affaire sera réglée par le départ volontaire du futur Napoléon III.
Les lettres de Rodolphe Töpffer sont alors consacrées à des événements plus personnels dont certains furent d'importance : les fameuses cinq Lettres vertes, attribuées par lui à la plume d'Albert Rilliet-de Candolle qu'il n'aimait pas, sont dirigées contre l'Académie dont Töpffer devient l'ardent défenseur. Par ailleurs il se plaint des contrefaçons parisiennes des histoires de MM. Jabot, Crépin et Vieux-Bois, il fait paraître divers articles dans la Bibliothèque universelle de Genève, rédige ses récits de voyages, édite les histoires de MM. Pencil et Festus, et publie son recueil des Nouvelles et mélanges. En plus de cette intense activité, Rodolphe Töpffer correspond avec Xavier de Maistre qui le mettra en rapport avec le grand critique français Sainte-Beuve, ce qui aura pour futur résultat l'édition à Paris des Nouvelles genevoises. Rodolphe Töpffer, même s'il est parfois d'humeur noire, n'a rien perdu de son humour ce qu'attestent ses lettres parfois caustiques adressées à ses amis David Munier et Auguste De la Rive.