Immigré allemand installé en Californie, le biologiste Edouard Hoffmann apprend qu'il a hérité un immeuble situé à Berlin-Est.
De retour après plusieurs années d'absence, Edouard découvre une ville en chantier qu'il ne reconnaît pas. Il tente de prendre possession de son bien et s'enlise dans des situations de plus en plus absurdes. Bientôt accusé de bénéficier d'un héritage nazi, Edouard se lance à la recherche du passé familial...
Parallèlement, les fissures de sa vie présente apparaissent. Jenny, sa femme, née d'une mère juive-allemande, ne songe guère à s'établir dans le Berlin réunifié. Un problème presque oublié dans leur relation conjugale refait alors surface pour prendre des proportions gigantesques aux yeux d'Edouard...
Chute libre à Berlin décline ainsi d'une manière originale le thème d'une Allemagne qui ne saurait finir d'être déchirée par son histoire récente.