Le job de l'avocat Michael Clayton est d'arranger discrètement, et par tous les moyens, les affaires embarrassantes de ses clients.
Le cabinet qui l'emploie s'occupe notamment de défendre les intérêts d'une multinationale agrochimique ; l'affaire est gérée par Arthur Edens, éminent avocat qui, pris de remords, se met à aider la partie adverse. Mais Arthur craque et on fait appel à Michel Clayton pour sauver l'affaire.
Lorsqu'il découvre que cette multinationale sans scrupules est prête à faire des millions de victimes pour s'enrichir, il ne peut plus échapper au choix qui s'impose à lui : étouffer la vérité, ou la faire éclater au péril de sa vie...