Dès le milieu du XIXe siècle, la Saône a livré une quantité considérable de vestiges archéologiques découverts fortuitement à l'occasion de travaux de dragage : armes, vaisselle en bronze ou en argent...
A partir de 1960, le suivi régulier des travaux de dragage a apporté la preuve de l'existence de véritables gisements enfouis au fond de la rivière. Dès 1978, une première fouille subaquatique d'envergure était réalisée à l'emplacement d'un habitat de la fin de l'Age du Bronze au sud de Chalon. Depuis lors, chaque année, des fouilles de prospection subaquatique se sont succédé, sans interruption, apportant une ample moisson de trouvailles, mais surtout un enrichissement considérable de nos connaissances.
Plusieurs dizaines de sites ont été découverts et de nombreux gisements fouillés: passages à gué, épaves de bateaux échelonnées du Bronze final à l'époque moderne, sites portuaires antiques et médiévaux, pêcheries, piles des ponts romains de Chalon. Une recherche exemplaire et novatrice a fait de la Saône un des grands sites archéologiques d'Europe. La diversité et l'état de conservation des vestiges sortis des eaux illustrent la richesse de ce nouveau type de site, autant pour la préhistoire que pour l'histoire, et font du fleuve un gardien de la mémoire.